Baseret på deres udvikling og billeddannelsesstruktur kan de bredt opdeles i tre kategorier: stive rørendoskoper, fiberoptiske (fleksible) endoskoper og elektroniske endoskoper.
1. Endoskoper til fordøjelseskanalen: stive rør-øsofagoskoper; fiberoptiske spiserør; elektroniske spiserør; ultralyds elektroniske esophagoskoper, fiberoptiske gastroskoper, elektroniske gastroskoper, ultralyds elektroniske gastroskoper, fiberoptiske duodenoskoper, elektroniske duodenoskoper, fiberoptiske enteroskoper, elektroniske enteroskoper, fiberoptiske koloskoper, elektroniske koloskoper, fiberoptiske sigmoidoskoper og rektoskoper.
2. Endoskoper til åndedrætssystemet: laryngoskoper med stive rør, fiberoptiske laryngoskoper, elektroniske laryngoskoper, fiberoptiske bronkoskoper, elektroniske bronkoskoper, thorakoskoper og mediastinoskoper.
3. Endoskoper til peritonealhulen: stive rør, fiberoptiske og elektroniske kirurgiske laparoskoper.
4. Endoskoper til galdevejene: koledokoskoper med stive rør, fiberoptiske koledokoskoper, elektroniske koledokoskoper og mor-og-barn koledokoskoper.
5. Endoskoper til urinsystemet: (1) Cystoskoper: De kan opdeles i inspektionscystoskoper, ureterale kateteriseringscystoskoper, kirurgiske cystoskoper, undervisningscystoskoper, fotografiske cystoskoper, pædiatriske cystoskoper og kvindelige cystoskoper. (2) Ureteroskoper. (3) Nefroskoper.
6. Endoskoper til gynækologi: kolposkoper og hysteroskoper.
7. Endoskoper til blodkar: vaskulære endoskoper.
8. Endoskoper til led: artroskoper. Fiberoptisk endoskopi
Et fiberoptisk endoskopisystem består af to dele: endoskopkroppen og en kold lyskilde. Inde i endoskopets krop er der to fiberoptiske bundter: en kaldet strålen, som transmitterer lyset, der genereres af den kolde lyskilde, til overfladen af det objekt, der observeres, og oplyser det; den anden kaldes billedbundtet, som er et bundt af titusindvis af fiberoptiske fibre med en diameter på mindre end 1 mikrometer arrangeret i rækker. Den ene ende er justeret med okularet, og den anden ende passerer gennem objektivlinsen og er justeret med overfladen af det objekt, der observeres. Læger kan direkte visualisere overfladen af organer gennem okularet, hvilket letter rettidig og nøjagtig diagnose. For eksempel kan læger ved hjælp af et endoskop observere sår eller tumorer i maven og formulere den bedste behandlingsplan i overensstemmelse hermed.
De fiberoptiske bundter, der transmitterer billedet, udgør kernen i det fiberoptiske endoskop. Det er sammensat af titusindvis af ekstremt fine glasfibre. Ifølge princippet om total intern refleksion i optik skal alle glasfibre belægges med en film med lavt-brydningsindeks- for at sikre, at alt lys transmitteret af kernefibrene gennemgår total intern refleksion. En enkelt fiber transmitterer kun et enkelt lyspunkt. For at visualisere et billede skal et stort antal fibre bundtes sammen. For at overføre det samme billede til den anden ende skal hver fiber placeres identisk i begge ender; dette kaldes et billedguidebundt. Fiberoptiske endoskoper har typisk to glasfiberrør. Lys kommer ind i kroppen gennem det ene rør, mens lægen observerer gennem det andet rør eller via et kamera. I 1981 blev endoskopisk ultralydsteknologi udviklet med succes. Denne nye udvikling, der kombinerer avanceret ultralydsteknologi med endoskopi, øgede i høj grad nøjagtigheden af læsionsdiagnosen. Nogle operationer kan udføres ved hjælp af endoskoper og lasere. Endoskopets optiske fibre kan levere en laserstråle til at forbrænde vækster eller tumorer og forsegle blødende blodkar.
Elektroniske endoskoper opstod i 1980'erne med udviklingen af elektronik og digital videoteknologi. Dette erstattede fiberoptisk billedtransmission med fotofølsomme integrerede kredsløbsbilledsystemer, hvilket resulterede i overlegen billedkvalitet, højere lysstyrke og større billeder, hvilket giver mulighed for påvisning af endnu finere læsioner. Desuden har elektroniske endoskoper en mindre ydre diameter, hvilket giver klarere og mere intuitive billeder og er nemmere at betjene. Nogle endoskoper inkorporerer endda mikro-integrerede kredsløbssensorer for at føre den observerede information tilbage til en computer. De kan få diagnostisk information om morfologien af væv og organer og også måle forskellige fysiologiske funktioner. Strukturen af elektroniske endoskoper er grundlæggende den samme som fiberoptiske endoskoper; Enkelt sagt erstatter en CCD billedguidebundtet og tilbyder mange funktioner, som fiberoptiske endoskoper ikke kan opnå. Den største forskel mellem elektroniske og fiberoptiske endoskoper er brugen af en CCD-enhed, kendt som en miniature billedsensor, i stedet for det fiberoptiske billedguidebundt.